九州南部離島産の個体群は以前から本土のコクワガタとの違いは指摘されていたが、最近になって整理されコクワガタの亜種として記載された。ヤクシマコクワガタは甑島列島と屋久島、種子島、馬毛島の大隅諸島に分布している。本土のコクワガタとトカラコクワガタの中間の特徴を持っていて、生態は本土のコクワガタと同様。夏に樹液や灯火に飛来する個体を見ることが多く、生息地の個体数は多い。